Iniziò la sua carriera agonistica con il Nacional Montevideo, con cui giocò da professionista due stagioni (dal 1988 al 1990) scendendo in campo complessivamente 14 volte e segnando tre reti. Dopo la conquista di uno scudetto, Fonseca fu ingaggiato dal Cagliari e si trasferì in Italia, paese di cui i suoi nonni erano originari e perciò riuscì a ottenere il passaporto italiano. Con i sardi rimase dal 1990 al 1992: impegnato principalmente come mezzapunta di sinistra, l’uruguaiano segnò 8 reti in 27 gare disputate nella prima stagione e 9 nella seconda disputando 23 gare.
Nell’estate del 1992 venne acquistato dal Napoli per 15 miliardi di lire più il cartellino di Vittorio Pusceddu. Con i partenopei segnò tutte e 5 le reti azzurre in una partita di Coppa UEFA (Valencia-Napoli 1-5) e in campionato realizzò 16 reti. Si mise in luce anche per un gesto poco elegante rivolto alla curva dei tifosi del Cagliari, che lo fischiavano perché era andato via contrariamente alle sue dichiarazioni.
Dopo un’altra stagione con 15 reti in 27 presenze passò alla Roma per 17,5 miliardi di lire più il cartellino di Benito Carbone valutato 7,5 miliardi di lire Militò con i capitolini per tre stagioni (dal 1994 al 1997), realizzando 8 centri sia il primo anno che il secondo, mentre il terzo anno, in cui fece reparto con Abel Balbo, si fermò a 4 gol.
Nella stagione 1997-1998 passò alla Juventus per 9 miliardi di lire con cui disputò 15 partite (con 4 gol). Con la Vecchia Signora Fonseca rimase altri tre anni, di cui uno solo da titolare (25 partite e 6 gol). Nella stagione 1999-2000, a causa di numerosi e ripetuti infortuni, non scese mai in campo in campionato (disputò soltanto una gara di Coppa UEFA contro il Levski Sofia il 4 novembre 1999 e un incontro di Coppa Italia contro il Napoli il 16 dicembre 1999). Nella stagione 2000-2001 collezionò 2 presenze in Serie A e 1 in Coppa Italia; nel corso della stagione successiva rescisse coi bianconeri per accasarsi al River Plate. La sua avventura con i torinesi si concluse con la vittoria di uno scudetto e una Supercoppa italiana.
Con gli argentini del River ebbe poco spazio e dopo due mesi decise di tornare prima al Nacional Montevideo (5 presenze e 2 gol), dove vinse uno scudetto, e poi di nuovo in Italia, al Como. Nel corso della stagione, visto lo scarso utilizzo (2 presenze), decise di dare l’addio al calcio giocato.
Con la Nazionale uruguaiana, nelle cui fila vanta 30 presenze e 11 gol, vinse la Copa América nel 1995.
